Наукова археографія відродилася у Львові на початку 1990-х рр., ґрунтуючись значною мірою на традиціях Археографічної комісії, заснованої М. Грушевським у складі Наукового товариства ім. Шевченка. У радянський час публікування джерел здійснювалося лише в межах архівів – воно було позначене дуже помітною тенденційністю в підборі матеріалів, опублікованих в археографічних збірниках.
Львівське відділення Інституту української археографії було утворене згідно з розпорядженням Президії АНУ від 21 липня 1992 р. і 11 вересня цього ж року зареєстроване як юридична особа. Офіційно працює з 1 вересня 1992 р., а фактично виникло 1 листопада 1990 р. – спершу як осередок Археографічної комісії Академії наук України, організаційно – як одна з ланок Інституту суспільних наук АНУ. Початковий період діяльності відділення базувався на постанові бюро Президії АНУ з 18 грудня 1992 р. «Про забезпечення дальшого розвитку археографічних досліджень у західноукраїнському регіоні».
У 1991 р. відділення розпочало видавничу діяльність – самостійну та в кооперації з іншими науковими установами в Україні та поза її межами.
При відділенні діє Українське геральдичне товариство (від 1991, голова Андрій Гречило).